La chapelle des morts a été reconstruite au cours de la deuxième moitié du XVIIIe siècle, adossée au mur du jardin des sous-sacristains. Le préau du grand cloître servait en partie de cimetière. On portait le corps du religieux décédé dans cette chapelle pour le laver, selon les prescriptions des Coutumes (texte rédigé par Guigues cinquième prieur de la chartreuse, décrivant les modes de vie des chartreux.)
Vêtu et muni du chapelet de sa profession, le défunt était posé sur une planche ; on y clouait les vêtements et le capuchon de la cuculle. Après la messe solennelle, les chartreux, tête couverte, se rendaient au cimetière au son de la cloche. On descendait le corps sur la planche dans une fosse, à même la terre, la tête tournée vers l'église, si possible. L'officiant jetait une pelletée de terre puis les frères et les domestiques comblaient le trou, tandis que les pères psalmodiaient. Une simple croix de bois noir signalait la sépulture.
De nos jours, la chapelle est un espace dédié aux aménagements numériques et à la présentation de l'application de la chapelle des fresques.