Le Cloître Saint-Jean et le déambulatoire

Le cloître Saint-Jean n'est autre que l'ancienne cour du palais du cardinal Aubert qui deviendra, lors de son accession au siège pontifical, Innocent VI. Sur ce point culminant du site se trouvaient l'aire à battre le grain et la grange, dont Aubert avait négocié l'acquisition pour y fixer sa résidence. Cette résidence sera anéantie par un incendie si bien que le petit neveu d'Aubert aura place nette pour y installer douze cellules de moines lors de la "seconde fondation" de la Chartreuse (cf. l'histoire du bâtiment).
Cloître St-Jean
Au centre de la cour se dresse l'édicule d'ordre ionique datant de la fin du XVIIIème siècle. Cest vraisemblablement l'ouvrage d'un atelier avignonnais, celui des Franque. Hormis sa remarquable stéréotomie, l'œuvre est intéressante pour son inachèvement : l’ensemble n’a pas reçu toute sa décoration, les clefs et les chapiteaux, à l’exception d’un seul, sont juste épannelés (tailler grossièrement).
Le bassin, pour sa part, date du XVIIe siècle.
 Cloître St-Jean
La fontaine constitue le centre d'un réseau hydraulique qui distribuait en eau l'ensemble de la chartreuse. L'eau captée au lieu-dit l'Hermitage, sur les hauteurs de Villeneuve, descendait par simple gravitation par un conduit souterrain puis par un aqueduc. Depuis le bassin de la fontaine, une canalisation alimentait, en sous-sol, le cloître des morts, la cour du sacristain et la cour des frères une dernière le quartier des convers. Les cellules étaient traversées, par un système de rigoles creusées dans les pierres, par une eau courante.
Pour l'irrigation des jardins, les chartreux tiraient l'eau d'une noria, puits à roue, situé vers l'angle nord-ouest de l'ensemble monastique.
Le cloître Saint-Jean est situé en hauteur, son air réputé plus pur était réservé aux vieux moines. Après la révolution, il est devenu le centre et l'âme d'un quartier de Villeneuve-lès-Avignon, qui abritait jusqu'à 300 familles.