施洗者圣-约翰教堂后称圣-玛利亚教堂，由教宗依诺增爵六世为修道院举行祭台圣礼而建。现在同1356-1362建造时的状况很不一样。原来的空间要小得多(三个跨梁)，但对十二位神父和杂役修士的唱诗班来说已经足够大。建筑风格十分简洁，因为查尔特勒修会喜欢朴实无华。这种简朴的特点也是南部哥特式建筑的风格，而当时阿维尼翁的教皇宫却变得非常奢华。
1352至1362年的阿维尼翁教宗依诺增爵六世的陵墓与棺椁上的石雕卧像。是该教宗在其新城的领地上修建了查尔特勒修道院 (见该建筑与查尔特勒修会的历史)。
他生前提出死后葬在该修道院，但这也造成了一些问题。查尔特勒修会的神父与杂务 修士的尸体都直接埋在土里，唯一的标示就是坟堆上的一个木头十字架。十字架倒了 后就把位置让给另一位教士。教宗的墓则会因为富丽堂皇而令人反感，另外修道院里不葬任何外面的人。但该修会不可能斗过基督教世界的首脑，所以没有表态(这就等于表示不同意)。这样教宗就在那里修建了一个小教堂。
祭廊前方，第一个跨梁在杂务修士祭坛处已经受损。
千疮百孔的建筑已经没有了正祭台间。朝向安嵣山与圣-安德烈要塞的一个大缺口是在 十九世纪时形成的，当时修道院无人管理，成了那些占用者的住房。也是在那时候依诺增爵六世的陵墓(见以下)成了养兔棚，有人说有个农民在拱顶上悬挂和升降重物，导致正祭台间倒塌。
简洁而威严的拱顶。法国南方哥特式建筑的一个标志就是高大的实心墙，而北方的哥 特式建筑则采用支柱承重，墙上多孔以让光线通过彩绘玻璃照入。这里用墙支撑拱顶，把沉思导向内心。同上帝的联系属于内在隐秘的范围。
建筑与文化遗产的模式与模拟混合研究单位(UMR MAP，法国科研中心的实验室)对查尔特勒修道院，特别是修道院教堂和查尔特勒修会神父管理时代教堂里展出的画作进行了数码化和三维处理。你可在此观看第一阶段完成的工作。
