最初的查尔特勒修道院
1352年依诺增爵六世一当选就决定在自己的宫殿边上建立一座查尔特勒修道院，以表示对查尔特勒修会会长Jean Birelle 的忠诚、友谊与感激，同时也象征性地表示自己返回艰苦作风的意愿，以同自己接任的前教皇克雷芒六世的奢华风格相区别。1356年有关建立查尔特勒修道院的教皇谕旨规定建立的修院包括十二名教士、一名院长、十四名杂务修士、二位护理、二位神职人员和九名仆役，并为其提供足够财物以维持给养。这一群体的建设共花了好多年时间：在宫殿与枢机主教会议厅东面建立一个称为墓地的大内院(大革命前修士死后都埋葬于此)，围绕大内院三边共有十三座小楼供修士居住，还有一个称作“研讨会”的小内院，小内院包括一个教务参事会会议室和一个带圣器室与钟楼的教堂，现在圣器室与钟楼都已不在了。该教堂于1358年祝圣使用。洗衣房与面包房等生活必须设施都是很后来才添加的。
这些建筑全部都用高墙围起来。所有的工程都从教皇的私人金库支出。1360年，依诺增爵六世预计到自己即将去世，就让人在教堂南部设了一个小教堂用以安放自己的墓穴。
1362年8月12日，教皇颁布了好几个授予查尔特勒修道院特权的谕旨。免除其各项捐税和向教廷缴的献纳金，并免除其现有及将来拥有的土地要缴纳的十一税。同一年，法国国王好人约翰也免除了查尔特勒修道院要缴纳的麦子、葡萄酒等食品的所有税项。他的继承者们也都以此为榜样，先后确认甚或扩大修道院的特权：从1380年的查理五世到1724年的路易十五，所有法国国王往往在途经近阿维尼翁的新城时都会表示王权的宽宏大量。
1362年9月12日，依诺增爵六世逝世。死前他表示希望安葬在查尔特勒修道院的教堂里。建筑师Bertrand Nogayrol 、雕塑家Thomas de Tournon与 Barthélémy Cavalier 一起完成了设在圣三一小教堂里的他的陵墓。这位教皇的尸体在阿维尼翁主教座堂短暂停留后，于1362年11月22日正式迁到这里，法国国王出席了这一仪式。按照法兰西共和历三年颁布的历史与艺术文物法，1798年，该陵墓被列为近阿维尼翁新城的受保护财产。归国家所有后，陵墓留在原来的小教堂里，但小教堂已经卖给当地一位农民当作农具库，被损坏得不像样了。1834年9月11日，担任历史建筑监察官的作家普鲁斯佩·梅里美发现了这座陵墓的惨样，第二年就让人将它迁到市收容所的小教堂。直到1959年依诺增爵六世才重返查尔特勒修道院里安静的小教堂。
